Investigadores de la Universidad de California en San Diego han publicado nuevas directrices que podrían ayudar a los científicos a mejorar significativamente sus resultados a la hora de cuantificar las interacciones entre el ADN y las proteínas. Comprender estas interacciones es fundamental para nuestra comprensión de la biología humana en general y también puede ayudar a los científicos a desarrollar nuevos tratamientos para una amplia gama de enfermedades, incluidos muchos cánceres.
Los investigadores se centraron en la normalización de picos, una técnica de biología molecular ampliamente utilizada que ayuda a garantizar resultados precisos y confiables. La normalización de picos implica agregar una cantidad conocida de cromatina (ADN y proteínas asociadas) a una muestra antes de estudiarla, lo que ayuda a los investigadores a explicar la variación entre las múltiples muestras que se comparan. La normalización de picos es particularmente útil para comparar dos condiciones, como evaluar el efecto de un fármaco (comparando tratado con no tratado) o una mutación o eliminación en un gen clave (comparando normal versus mutante).
Al buscar conjuntos de datos disponibles públicamente que utilizan la normalización de picos, los investigadores pudieron identificar escenarios comunes en los que la normalización de picos se usa mal fácilmente y en los que se necesitan pasos de control de calidad adicionales y otras técnicas. Los resultados se pueden mejorar mediante la construcción “profunda”. “. Evite malas interpretaciones. Al volver a analizar estos datos y realizar experimentos adicionales propios, el equipo pudo desarrollar una lista de nueve recomendaciones clave para los investigadores que utilizan la normalización de picos que pueden aumentar en gran medida la precisión de sus resultados. Estos pasos incluyen garantizar medidas de control de calidad consistentes, seguir las mejores prácticas de análisis computacional y validar los resultados con otras técnicas de análisis.
“Muchos estudios utilizan la normalización de picos y nuestros hallazgos cuestionan las conclusiones biológicas extraídas de este enfoque”, dijo el autor principal, Alvin Guerin, PhD. “Nuestras recomendaciones pueden ayudar a explicar algunos de los inconvenientes de la normalización de los picos para que aún podamos aprovechar los beneficios de esta valiosa técnica”.
Este estudio fue publicado el 13 de septiembre de 2024. Naturaleza Biotecnología y dirigido por Lauren Patel y Yuvi Cao en UC San Diego y Eric Mendenhall, Ph.D. en el Instituto Hudson Alpha de Biotecnología. El estudio fue codirigido por Alvin Guerin, PhD, y Christopher Benner, PhD, ambos profesores asociados del Departamento de Medicina de la Facultad de Medicina de UC San Diego.
